反滲透系統會隨著使用周期的延長逐漸出現污堵：諸如壓力的上升，壓差的上升，產水水質的惡化-脫鹽率下降，以及產水流量的下降等。反滲透系統的性能需要依靠化學清洗來恢復。因此化學清洗的效果直接影響到膜元件本身性能的恢復以及能否長期有效滿足運行條件。而影響清洗的效果取決于清洗方法的選擇。
膜系統清洗時機的選擇（與初始運行狀況進行比較）
?系統某段的進水和濃水的壓差上升到初始壓差值的150％
?標準化的產水量降低了10%
?標準化的鹽透率增加了20%
一般采用下列步驟來判斷清洗的方法：
1、判斷污染物種類；
2、依據性能表現判斷污染程度；
3 、采取有針對性的清洗方法：包括清洗藥劑，清洗液濃度，清洗液溫度，清洗的時間等等。
需要特別注意的：
1、滿足上述任意一項化學清洗條件即需要進行清洗。及時的清洗有助于膜系統穩(wěn)定運行，并能降低運行成本。從運行經驗來講，盡量不要讓壓差超過3bar再清洗，避免污染物積累過多很難洗下來，甚至污染過重造成膜元件不可逆損傷。
2、詳細記錄每次清洗的方法，清洗條件以及清洗前后的運行數據。
包括清洗水溫，清洗藥劑濃度，pH控制，循環(huán)浸泡時間；
清洗前后的各段壓差，水量，產水水質變化;
針對性藥劑的選擇建議通過水質分析進行判斷;
冬季時，清洗液加溫系統的有效性也會影響清洗的效果，建議采用加溫速度快的方式，避免沖洗時水溫溫差過大，無法連續(xù)沖洗;
3、清洗時進膜壓力建議不超過0.2MPa。
4、化學清洗后的沖洗步驟比較重要，將影響清洗效果。
建議沖洗要完全。
即膜裝置濃水排放口的電導不超過清洗水電導的1.5倍或近似相同即沖洗完成;
注意沖洗水的水溫與清洗水溫不要過大。建議溫差低于5℃，避免二次污染。
5、化學清洗完成后須對清洗系統進行沖洗。
沖洗的效果參考第4點中所述：檢測電導值。由于大部分系統的清洗裝置是UF和RO共用，尤其需要注意氧化性藥劑泄露。
6、建議堿洗后進行一遍酸洗，可有效提高產水水質。
對于二段無機結垢，建議*行酸洗，再堿洗。避免結垢物因沖洗劃傷膜表面，造成不可逆的物理損傷。